Beim Morbus Crohn kann die Entzündung den gesamten Verdauungstrakt erfassen: vom After bis zum Mund. Dabei treten die Entzündungsprozesse meist aber im Darmbereich auf, wenngleich in der Regel nicht zusammenhängend - das heißt krankhaft veränderte und gesunde Bereiche wechseln sich ab.

An den Entzündungsherden werden sämtliche Schichten des Darms befallen, teilweise regelrecht zerstört. Hier können sich dann Eitereinschlüsse (Abszesse) bilden, oder die Entzündung gräbt regelrechte Durchgänge bis in das benachbarte Gewebe (Fisteln). Überdies werden auch Ausbuchtungen des Darms nach innen festgestellt, so dass der Darm sich verengt (Stenosen).

Das Krankheitsbild Colitis ulcerosa ist von der Crohn-Erkrankung dadurch zu unterscheiden, dass die Entzündung in über 95 % aller Fälle auf den Bereich des Dickdarms begrenzt ist, hier die Entzündung sich jedoch kontinuierlich über den gesamten betroffenen Darmbereich erstreckt.
Befallen ist aber ausschließlich die Schleimhaut als oberste Darmschicht, das Darmgewebe wird also nicht vollständig durchdrungen.

Oftmals lassen sich Crohn und Colitis anhand der vom Patienten berichteten Beschwerden und den erhobenen Untersuchungsergebnissen zunächst nicht eindeutig abgrenzen, so dass in einem von zehn Neufällen der Arzt anfänglich von einer Colitis indeterminata spricht.

Typisch für die Crohn/Colitis-Diagnose ist, dass vielfach erst nach längerem Anhalten der Beschwerden diese als chronisch entzündliche Darmerkrankung eingeordnet werden. Denn es gibt eine Reihe von Erkrankungen, die auch mit den Leitsymptomen der CED - den Durchfällen - einhergehen. Das hat in der Vergangenheit schon oft dazu geführt, dass zwischen den ersten Symptomen und der CED-Diagnose Jahre lagen.

Was die Erkrankungen konkret hervorruft ist heute noch nicht abschließend bekannt: wahrscheinlich handelt es sich um ein Potpourri auslösender Faktoren. Die Disposition eines genetischen Bausteins wurde von den Forschern des Kompetenznetzes im Jahre 2001 nachgewiesen. Allerdings erklärt allein diese spezifische Auffälligkeit in der Genetik nicht alle CED-Erkrankungen.

Es gibt auch Betroffene, die über die nachgewiesene genetische Veränderung nicht verfügen, deren Därme aber trotzdem entzündet sind. So viel ist jedoch auf jeden Fall klar: bei CED handelt es sich um eine Störung der natürlichen Barriere des Körpers, die der Darm gegenüber Bakterien und anderen Eindringlingen darstellt.

Durch die nicht mehr vollständig intakte Abwehr im Bereich des Darms, der mehr als die Hälfte der menschlichen Immunzellen beherbergt, dringen Bakterien in die Darmwand ein. Dies führt zu einer Abwehrreaktion des Körpers. Und wenn diese überschiessend aus dem Ruder läuft, kommt es zur CED: die Entzündung des Körperinneren, weil die eigentlich natürliche Abwehrreaktion des Körpers nicht mehr angemessen gestoppt werden kann. Die Entzündung wird chronisch.

Ausser den identifizierten Erbanlagen scheinen auch Umwelteinflüsse an der Entstehung von CED beteiligt zu sein: belegt ist bislang in diesem Spektrum lediglich ein negativer Effekt des Rauchens. Ernährungs- oder psychische Faktoren sind hingegen nicht hinreichend nachgewiesen.

Problematisch sind über die lebenseinschränkenden akuten Symptome hinaus Erkrankungen ausserhalb des Darms, die durch die wiederkehrende Darmentzündung hervorgerufen werden. Der Mediziner nennt dies „extratestinale Manifestationen“. Diese Folgewirkungen von CED betreffen vor allem Gelenke, Bänder und Muskeln, Haut, Augen und die Leber. So kommt es auch hier zu schmerzhaften Entzündungen, an der Haut zu Geschwüren und Knoten.

Zudem wird eine verminderte Knochendichte, der Rückgang des Mineralgehaltes in den Kochen und damit deren zunehmende Instabilität mit CED in Verbindung gebracht.

Ein besonderes Problem stellt das erhöhte Krebsrisiko von Crohn- und Colitis-Patienten dar.

So wurde nach langen chronisch aktiven Krankheitsverläufen verstärkt Dickdarmkrebs festgestellt. Daher bedarf es für CED-Erkrankte einer kontinuierlichen intensiven ärztlichen Überwachung.

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